P: A minha estrutura de pastas está correta / ideal?
A: A estrutura da pasta parece boa.
P: Eu sei que usei a opção recursiva (-R), mas devo repetir o mesmo para $ vhost / www, $ vhost / logs e $ vhost / backups?
A: Seria redundante executá-lo nesses diretórios
P: Estou certo em pensar que o chmod acima é provavelmente redundante?
Sim, tecnicamente é redundante porque o seu sudo inicial que creta os diretórios está definindo o 'set group id bit', mas definir esse bit (o 2 em 2750) não é uma garantia. Já vi diretórios com isso em que os usuários moveram arquivos para o diretório ou acidentalmente alteraram o grupo em arquivos, então eu o deixei.
Existe uma maneira de executar os comandos mkdir como o usuário $ uzer?
root$ su -u $user -c "mkdir ..."
Além disso, você pode salvar uma etapa no chmod do / www, / log, & / backups usando a opção mkdir --mode=...
.
Por exemplo
mkdir -vp --mode=2750 /home/$uzer/public_html/$vhost
mkdir -vp --mode=2750 /home/$uzer/public_html/$vhost/www
mkdir -vp --mode=2750 /home/$uzer/public_html/$vhost/logs
mkdir -vp --mode=2750 /home/$uzer/public_html/$vhost/backups