crontab deve ser usado para trabalhos que você deseja repetir regularmente. Uma alternativa é at . Com esse utilitário, você pode agendar trabalhos que deseja executar apenas uma vez, mas no futuro.
De dentro do python -script, você deve poder adicionar um comando à fila de at . A página de links junto com a man -page deve fornecer informações suficientes para você prosseguir.
Conforme o comentário de Michel, isso será
newruntime = (datetime.datetime.now() + datetime.timedelta(minutes=5)).strftime("%H:%M %d.%m.%Y")
command = 'echo " python mainprog.py" | at ' + newruntime
os.system(command)