Se for um arquivo CRLF bem formatado, o vim irá reconhecê-lo como tal e definir fileformat
to dos
. Experimente com :set fileformat?
. Assim, set list
interpretará CRLF, corretamente, como finais de linha legítimos para este formato de arquivo.
Veja :help fileformats
para mais informações sobre detecção automática de formato de arquivo. Além disso, esta página de dicas expande isso e, por exemplo, como converter entre diferentes formatos de arquivo.