Se for um arquivo CRLF bem formatado, o vim irá reconhecê-lo como tal e definir fileformat to dos . Experimente com :set fileformat? . Assim, set list interpretará CRLF, corretamente, como finais de linha legítimos para este formato de arquivo.
Veja :help fileformats para mais informações sobre detecção automática de formato de arquivo. Além disso, esta página de dicas expande isso e, por exemplo, como converter entre diferentes formatos de arquivo.