O bit que você está procurando é xfdesktop .
Você deve ser capaz de desativá-lo no gerenciador de sessão ( xfce4-session-settings )
Eu quero que o xcreensaver glmatrix seja executado como plano de fundo da minha área de trabalho, o que funciona bem em openbox, mas no xfce eu preciso matar o que estiver rodando a janela raiz (até onde eu entendi). Que processo é esse no xfce?
Vá para Configurações > Window Manager Tweaks e lá a última aba é o Compositor. Desmarque isto.