Eu acho que você está procurando
-np, --no-parent don't ascend to the parent directory.
Assim:
wget -r -l 0 -np --user=josh --ask-password http://morris.cs.example.com/files/Software/MySoftware/V2012_Linux/
O Wget não oferece muita flexibilidade com nomes de arquivos de saída. Se você quiser fazer o download recursivo, é necessário permitir que a estrutura da árvore baixada corresponda à estrutura exibida. Mova o V2012_Linux
para onde você quiser quando o download terminar ou crie um link simbólico.