O que você leu é verdadeiro. Os sistemas de arquivos se fragmentam ao longo do tempo - à medida que você escreve mais de seu roteiro épico, ou adiciona à sua coleção de músicas, ou envia mais fotos, etc., o espaço livre é baixo e o sistema precisa dividir arquivos para caber no disco. No processo descrito no trecho que você postou, o estágio final, copiando os arquivos de volta para o disco limpo recentemente, é feito sequencialmente - assim os arquivos são gravados no sistema de arquivos, um após o outro, permitindo que o sistema aloque espaço em disco. maneira que evita as condições que levaram à fragmentação em primeiro lugar.
Em alguns sistemas de arquivos UNIX, a fragmentação é realmente uma coisa boa - ajuda a economizar espaço, alocando dados de dois arquivos em um único bloco de disco, em vez de usar dois blocos cada um com menos da metade dados.
Os sistemas de arquivos UNIX não começam a sofrer fragmentação até estarem quase cheios, quando o sistema não tem mais espaço livre suficiente para usar enquanto tenta embaralhar os arquivos para mantê-los ocupando blocos contíguos. Da mesma forma, o desfragmentador do Windows precisa de cerca de 15% do disco para não ser usado para poder executar sua tarefa com eficiência.