O programa gnome-terminal adere a esse ponto. Ele começou a fazer isso em algum momento durante a transição para o Gnome3, e quando percebi que não era o meu gerenciador de janelas ou ambiente de desktop, mas o próprio programa, eu estava irritado o suficiente para procurar uma alternativa.
O Roxterm é atualmente meu emulador de terminal de escolha.
[UPDATE]: estou de volta ao uso do gnome-terminal. Versões mais recentes do gnome-terminal (ou talvez GTK?) Não adicionam mais o nub, e o mantenedor do Roxterm tem apenas parou o desenvolvimento devido a restrições de tempo e uma complicada incompatibilidade com o recente GTK.