Depende do software que você usa. A maioria suporta algum nível de 3D agora - o VMware Workstation e o VirtualBox fazem até certo ponto.
como um aparte eu tenho um HD7790 em casa e funciona bem no Ubuntu 13.04. Use o driver radeon de código aberto OU obtenha o mais novo no site da AMD. O que vem com o Ubuntu é muito antigo para reconhecer corretamente o cartão.