O visualizador deve ser o mesmo escolhido quando você usa xdg-open ou simplesmente clicar duas vezes em um PDF em um gerenciador de arquivos. As associações de arquivos padrão são definidas em /usr/share/applications/defaults.list (global) ou em ~/.local/share/applications/mimeapps.list ou ~/.local/share/applications/defaults.list .
Por exemplo, é isso que tenho no meu sistema:
$ grep -i pdf /usr/share/applications/defaults.list
application/pdf=evince.desktop;atril.desktop
Supondo que você tenha o arquivo .desktop correspondente no local correto ( /usr/share/applications/ , por exemplo), emacs deve encontrá-lo e abrir com o visualizador correto.