O Windows só pode montar variantes FAT e NTFS nativamente. Sistemas de arquivos não-nativos existem, mas requerem passar por obstáculos, a ponto de geralmente ser mais simples instalar uma VM Linux (ou FreeBSD). Então, escolha FAT32 ou NTFS.
O driver FUSE NTFS-3g está disponível no FreeBSD como uma porta ( fusefs-ntfs ), assim como os utilitários associados ( ntfsprogs ) .