Isso funciona para mim; ele troca o Caps Lock e deixa as teclas Control.
#!/bin/sh
xmodmap - <<EOF
remove Lock = Caps_Lock
remove Control = Control_L
keysym Control_L = Caps_Lock
keysym Caps_Lock = Control_L
add Lock = Control_L
add Control = Control_L
EOF
Se você quiser que ambas as teclas funcionem como teclas de controle, você terá que modificar isso; Eu francamente não entendo o xmodmap bem o suficiente para fazê-lo, mas este deve ser um bom ponto de partida.