Eu atualizei para o Ubuntu 16.10 assim que ele estava disponível, mas isso não resolveu esse problema. Nem as atualizações subsequentes de pacotes foram aplicadas desde então.
No entanto, os upgrades de pacotes de hoje devem ter incluído uma correção, já que agora posso fazer um 'sudo reboot' regular de uma sessão SSH remota e reconectar-me ao servidor em um ou dois minutos.
Aqui está a entrada mais recente do meu /var/log/apt/history.log:
Atualização: libsystemd0: i386 (231-9git1, 231-9ubuntu1), udev: i386 (231-9git1, 231-9ubuntu1), libudev1: i386 (231-9git1, 231-9ubuntu1), python3-distupgrade: i386 ( 1: 16.10.7, 1: 16.10.8), ubuntu-release-upgrader-core: i386 (1: 16.10.7, 1: 16.10.8), systemd-sysv: i386 (231-9git1, 231-9ubuntu1) , libpam-systemd: i386 (231-9git1, 231-9ubuntu1), systemd: i386 (231-9git1, 231-9ubuntu1), libnss-resolve: i386 (231-9git1, 231-9ubuntu1)
Entre essa lista, um enorme "obrigado!" vai para qualquer mantenedor de pacotes que tenha aplicado o encantamento mágico necessário ... você sabe quem você é:)
UPDATE Como o Ubuntu não suporta mais as máquinas i386, mudei felizmente para o Lubuntu 18.04. Bom gosto, menos recheio!