Adicione um especificador de endereço regex no início - como seu padrão possui barras, fica mais claro se você usar um separador de expressão diferente:
sed -i '\%^///% s/\n$//' Input
Teste:
$ sed '\%^///% s/\n$//' Input
Some text\n
/// Some comment
Se você preferir "palitos inclinados"
sed -i '/^\/\/\// s/\n$//' Input