Ambos os projetos, é claro, são reconstruções compatíveis com binários da fonte fornecida pela Red Hat. As principais diferenças estão no modelo de desenvolvimento / construção.
O CentOS somente faz alterações para remover o branding da Red Hat ou, muito ocasionalmente, como última medida para obter algo para construir. Eles pretendem ser compatíveis com bug para o Red Hat Enterprise Linux.
O Scientific Linux faz mais personalizações e adições, por exemplo, criando pacotes OpenAFS. (Eles mantêm os SRPMs para estes separados , embora.)
O CentOS é uma distribuição "comunitária", mas é realmente construído e mantido por um grupo pequeno (mas ativo) de desenvolvedores voluntários de maneira fechada. A falta de comunicação deste grupo é às vezes frustrante e eu acho que um problema que eles precisam resolver. O Scientific Linux é muito mais aberto em seu modelo de desenvolvimento, e é muito mais fácil ver o que está acontecendo.
Na minha impressão, o Linux Scientific é muito mais propenso a aceitar hacks "get it working", e o CentOS um pouco mais cuidadoso, mesmo que isso signifique atraso - como no caso do lançamento do CentOS 6.
Ambos estão em uso de produção em muitas instituições sérias. Eu não acho que o atraso do lançamento do CentOS 6 seja um grande motivo de preocupação - é apenas a maneira como as coisas são. (Acho que priorizar 5.6 foi o movimento certo, já que isso está bloqueando algumas atualizações de segurança. O fato de isso ainda não ter sido feito é mais preocupante.) Espero que após o trabalho de liberar o lançamento pode haver alguma avaliação e talvez algumas mudanças feitas na comunicação do status. Mas também acho que você não vai errar ao decidir usar o Scientific Linux agora. Eles são basicamente intercambiáveis, afinal de contas, e não deveria ser terrivelmente doloroso mudar se você mudar de ideia mais tarde.
Se o seu sistema está na linha de frente e é de missão crítica para o seu negócio, comprar uma assinatura do Red Hat Enterprise Linux também deve estar na sua lista de opções a serem consideradas. É caro, mas não é tão caro, e por sua natureza, o CentOS e o Scientific Linux sempre têm alguma latência na obtenção de atualizações de segurança.