diff -e é suposto ser feed (modificado) para ed .
tente
diff -e orig.sas new.sas > changes.txt
echo wq >> changes.txt
ed orig.sas < changes.txt
onde
-
wqirá w rite e q uit, imprimindo o número de caracteres escritos - opcional
--silentnão será exibido acima da contagem.
veja man ed para mais informações.
editar
Eu não consigo ver o ponto no diff para aplicar o diff no arquivo original, parece-me que cp new.sas orig_v2.sas faria
Suponho que você tenha isso em mente: dois ramos alpha N e bravo N
diff -e alpha1.sas alpha2.sas > change12.txt
(cat change12.txt
echo w bravo2.sas
echo q ) | ed bravo.sas
isso informará sobre bravo N alterações feitas em alpha N