Uma solução seria criar uma partição separada no disco para o armazenamento de dados desta aplicação especial. Você pode definir o tamanho da partição para o que você quiser e depois montar a partição em seu diretório pessoal.
Então, contanto que ninguém mais tenha acesso à partição (por exemplo, permissões de gravação), você deve efetivamente ter esse espaço reservado em disco para seu uso específico.