lsmod
mostrará apenas módulos carregáveis:
# lsmod
Module Size Used by
nls_iso8859_1 16384 0
vfat 20480 0
fat 77824 1 vfat
isofs 45056 0
(...)
O resto você pode obter com a configuração do kernel:
# zless /proc/config.gz
ou
# zgrep "=y" /proc/config.gz
Isso, no entanto, também mostra algumas opções de configuração diferentes de "módulos" compilados (como opções ativadas).