Isso infelizmente é um problema conhecido no Opera, abrangendo OpenSuse 42.3 . O YouTube informa que H.264 e MSE & H.264 não são compatíveis quando acessados a partir desse sistema operacional. Isso está usando Opera 46.0.2597.26 , não tão novo quanto o seu, mas um sistema operacional mais novo.
Olhando pela web, há referências a um patch de codecs do Chromium. Desinstalar o Chromium não faz diferença na minha configuração, nem forçar a reinstalação do ffmpeg após a desinstalação dos codecs extras do Chromium. Para aqueles que não se importam, há uma solução de vinculação manual [1] envolvendo libffmpeg.so , que parece ter sucesso lá (mas deve ser refeita toda vez que o Opera for atualizado). Eu não tentei ligar o manual.
[1] link