Por 'desktops', estou supondo que você quer dizer espaços de trabalho? Ctrl + alt + left / right são os atalhos para alternar entre espaços de trabalho.
Você pode tentar usar o wmctrl
para lançar determinados programas em um espaço de trabalho específico.
wmctrl -r <WINDOW NUMBER> -s <WORKSPACE NUMBER>
Você precisaria usar wmctrl -l
para encontrar o número da janela:
0x0080006a -1 localhost panel
0x0180007c 0 localhost Chromium
0x02600007 3 localhost LXTerminal
E wmctrl -d
para encontrar o número do espaço de trabalho.
Quanto ao arranque automático, uma vez que esta é uma ferramenta de linha de comando, pode facilmente ser portado para um simples script de shell que está listado em seu autostart file (você pode adicioná-lo através da interface de configuração do LXDE).