O gerenciador de pacotes DNF é o sucessor do YUM e é usado na distribuição do Fedora (e talvez em outros). Funciona com repositórios e ajuda, resolvendo dependências de pacotes RPM.
O pacote no contexto do Fedora é o pacote RPM. O pacote RPM fornece um conjunto de arquivos e metadados (descrição que o pacote RPM fornece / requer, empacotador, data / máquina de compilação etc.). Um RPM pode fornecer um projeto ou parte dele ou pode fornecer arquivos que são solicitados por muitos outros projetos (como bibliotecas compartilhadas).
Você pode estudar mais, por exemplo, no wiki:
se você estiver mais interessado, recomendo o Máximo de RPMs:
Em relação a alternativas. Costumava haver o apt-rpm, fornecendo o estilo apt-get de gerenciamento de pacotes conhecido do Debian / Ubuntu. Era popular por volta de 2000-2002, mas a RH decidiu usar o YUM, que se tornou a solução oficial do "inferno da dependência" do RPM. Não estou ciente da usabilidade do apt-rpm na escala do YUM / DNF nos dias de hoje.