for id in $(xprop -root _NET_CLIENT_LIST | cut -f2 -d'#' | tr -d ',') ; do
echo -en "$id:\t"
xprop -id $id _NET_WM_NAME | sed 's/^.* = //'
done
xdotool windowactivate --sync $idofyourwindow
O loop for imprime uma lista dos nomes e ids das suas janelas. Você pode usar comandos como 'xwininfo -children' ou 'xdotool search' para encontrar o id da janela que você deseja ativar.
Quando você conhece esse id, use 'xdotool' para ativar a janela.