Adaptando esta resposta no SuperUser, isso pode ser obtido convertendo o PDF para PostScript e vice-versa usando um setrgbcolor
redefinido comando:
gs -o <output-file.pdf> -sDEVICE=pdfwrite \
-c "/osetrgbcolor {/setrgbcolor} bind def /setrgbcolor {pop [0 0 0] osetrgbcolor} def" \
-f <input-file.ps>