A idéia é já ter os programas necessários no menu de contexto 'Abrir com' para uma pasta selecionada sem a necessidade de selecionar "Outros aplicativos".
A edição da linha inode/directory= in /usr/share/applications/mimeinfo.cache não é útil porque, conforme indicado em um comentário por don_crissti , o problema reaparece após uma atualização ou instalação do programa devido ao comando update-desktop-database .
Na verdade, apenas alguns programas assumirão a função de gerenciador de arquivos, conforme indicado pela pergunta, mas aqueles que o fizerem assumirão diretamente, simplesmente após a instalação, e farão novamente após update-desktop-database .
Como sugerido aqui pelo usuário mencionado acima, você precisa editar ~/.local/share/applications/mimeapps.list como:
[Default Applications]
inode/directory==nemo.desktop;audacious.desktop;deadbeef.desktop;vlc.desktop
Em outro sistema (Cinnamon Manjaro, em que não há mimeapps.list em usr/share/applications , apenas mimeinfo.cache e parece não ser compatível com freedesktop), o arquivo a ser usado é ~/.local/share/applications/mimeinfo.cache com um conteúdo como
[MIME Cache]
inode/directory==nemo.desktop;audacious.desktop;deadbeef.desktop;vlc.desktop
É essencial colocar o gerenciador de arquivos primeiro e depois os programas para adicionar ao menu de contexto 'abrir com'.
Por exemplo, o item acima dará



