Consegui fazer isso usando rclone
[1] como sugerido pelo @derobert.
O comando é muito simples:
rclone check sourcepath remote:s3bucketname
Exemplo:
Vamos imaginar que você queira verificar se o depósito do S3 (nome do depósito: tmp_data_test_bucket
) tem todos os arquivos que este diretório possui: /tmp/data/
Comando:
rclone check /tmp/data/ remote:tmp_data_test_bucket
[1] link