Não, você não pode dizer à versão mais nova do Unison para fingir ser uma versão antiga. Esta é uma característica notória do Unison; o formato do arquivo (que controla tudo o que está sendo sincronizado para melhorar a eficiência) melhora aprimorado em cada nova versão. Por isso, as versões do Unison nas máquinas precisam corresponder precisamente.
Como o 2.40 é uma versão mais antiga, não tenho certeza se seria no repositório do Ubuntu. Você poderia compilar e instalar de source , ou tente um dos estes binários pré-compilados .