Primeiramente, verifique se você pode executar seu aplicativo de forma interativa (por exemplo, a partir de um shell). Isso eliminará problemas com a compilação cruzada, o que pode dar errado facilmente.
Depois de verificar se funciona, você pode tentar executá-lo em /etc/rc.local . Na maioria das distros, isso deve ser executado automaticamente na inicialização.
Também há muita ajuda na internet sobre quando o rc.local não inicia na inicialização. Eu não sei qual distro sua placa roda, mas esta resposta sobre o Ubuntu tem bons conselhos.