Como Gilles mencionou em um comentário, a configuração da variável SHELL também funciona. Não tem desvantagem da minha outra resposta. Aqui estão os detalhes:
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Crie
.xsessionrc
no seu diretório pessoal com o conteúdo:SHELL=/usr/bin/fish
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Desative o comando personalizado nas opções de perfil do terminal gnome.
- Faça logout e novamente.
O terminal Gnome deve respeitar a variável e usar esse comando personalizado. Faz para mim no Ubuntu 16.04.1 e resolve o problema do diretório de trabalho.