Para matar todos os processos do Gnuplot:
pkill -x gnuplot
Se você quiser matar apenas os processos do Gnuplot que foram invocados com a opção -persist :
pkill -fx 'gnuplot -persist.*'
Se você quiser fechar as janelas sem fechar os processos do Gnuplot (acho que é inútil aqui porque fechar as janelas faz com que os processos do Gnuplot saiam), você pode usar wmctrl : wmctrl -c gnuplot fecha todas as janelas do Gnuplot (mais precisamente, envia uma mensagem WM_DELETE_WINDOW para todas as janelas cujo título contém gnuplot , que é o mesmo que clicando no botão "fechar" em todas essas janelas. Se você quiser fechar apenas algumas janelas do Gnuplot, é possível analisar a saída de wmctrl -l para localizar as IDs de janela desejadas e fechar as janelas com wmctrl -c ou xkill -id .