Para ler a saída do grep em um array, você precisa mudar
AtomicPos=$(grep -n "ATOMIC_POSITIONS" hw1_out_si_wire.txt)
para
AtomicPos=( $(grep -n "ATOMIC_POSITIONS" hw1_out_si_wire.txt) )
Dessa forma, você terá todos os padrões correspondentes em AtomicPos
e, em seguida, fará um loop sobre a matriz e imprimirá cada elemento.