Uma solução seria criar um pacote fictício usando equivs . Veja Como fazer com que o apt reconheça uma instalação instalada pacote tar? para um rápido como fazer. Dê ao seu pacote a required
priority eo Essential
status para que o apt jamais pense em desinstalá-lo e declare os pacotes que você nunca mais deseja desinstalar como dependências dele.
Section: local Priority: required Essential: yes Package: mortensickel-dependencies Depends: package1, package2, package3-1 | package3-2 Description: Depend on my absolutely required packages