Você pode criptografar e descriptografar arquivos com gpg
Para criptografar um arquivo
gpg -c file.to.encrypt
Para descriptografar um arquivo
gpg file.to.encrypt.gpg
Mas o gpg não faz diretórios inteiros. Para diretórios inteiros você tem várias opções, o ecryptfs é popular.
# Install if ecryptfs-utils if needed
sudo apt-get install ecryptfs-utils
# Make an encrypted directory
ecryptfs-setup-private
Isso tornará um diretório "Particular". Todos os dados que você colocar no diretório Private
serão automaticamente criptografados quando você fizer logout e descriptografado quando fizer o login.
Se você quiser um comportamento diferente ou um diretório diferente ...
mkdir ~/secret
chmod 700 ~/secret
sudo mount -t ecryptfs ~your_user/secret ~your_user/secret
Coloque seus dados em ~ / secrte
Para criptografar
sudo umount ~your_user/secret
Para descriptografar
sudo mount ./secret ./secret -o key=passphrase,ecryptfs_cipher=aes,ecryptfs_key_bytes=16,ecryptfs_passthrough=no,ecryptfs_enable_filename_crypto=yes
Dica: crie um alias para o segundo comando.
Veja link ou man ecryptfs para detalhes adicionais.