Parece que o problema foi com @include common-session-noninteractive - isso funciona para mim em /etc/pam.d/sudo:
#%PAM-1.0
session [success=1 default=ignore] pam_succeed_if.so quiet uid = 0 ruser = deployer
session required pam_env.so readenv=1 user_readenv=0
session required pam_env.so readenv=1 envfile=/etc/default/locale user_readenv=0
@include common-auth
@include common-account
# @include common-session-noninteractive
E também criei o /etc/rsyslog.d/35-pam_unix.conf para evitar o registro da linha de sudo atual:
if $syslogtag contains 'sudo' and $msg contains '/data/deployer/timeagent' then ~