Você não diz como você tentou fixar e como ele falhou, mas a solução está fixando de fato. Se você já removeu todas as fontes nas quais não está interessado, crie /etc/apt/preferences.d/back.pref
com o seguinte conteúdo:
Package: *
Pin: release o=*
Pin-Priority: 1001
Depois disso, apt-get dist-upgrade
aumentará / reduzirá todos os pacotes para suas fontes atuais.
Se não der certo, verifique a saída de apt-cache policy
e apt-cache policy OFFENDING-PACKAGE
para sugestões.