Acredito que a compilação no chroot verificará se todos os arquivos e programas auxiliares para construir o GCC e o GlibC estão presentes e independentes do "sistema de compilação". Compilar um compilador não é nada simples, geralmente. Acredito que o GCC exigirá bison e flex e todos os tipos de arquivos de cabeçalho, arquivos de configuração e quem sabe o que mais. A compilação chroot é apenas uma etapa intermediária entre o sistema de compilação (que não é o LFS) e a instalação final do LFS, que deve ser de hospedagem própria.
Como o ambiente de tempo de execução do GCC é complicado ( PATH , LD_LIBRARY_PATH e outros itens de configuração) também é possível que alguns efeitos colaterais vazem do compilador GCC inicial. Não consigo encontrar o artigo, mas lembro que pode levar até cinco gerações de compilação de um compilador com a geração compilada anteriormente para obter todos os bugs e dependências estranhos à superfície.