É possível fazê-lo, e eu o uso para alterar o padrão de alguns programas (geralmente na forma dos meus parâmetros padrão).
Para os scripts que escrevo, prefiro colocar a configuração em um arquivo separado ~/.my_program_x.conf
e fazer um . ~/.my_program_x.conf
.
Em geral, os scripts (AFAIK) preferem ter um arquivo de configuração para esses casos.
Observação: acho que você deve prefixar as variáveis com export
ou alguns scripts não puderam ver a variável.