Se algum dos arquivos for "esparso" (ou seja, arquivos com buracos vazios não alocados), fazendo uma cópia lógica usando qualquer tipo de mecanismo de cópia que leia e grave arquivos, você poderá obter esse resultado. Há uma opção para copiar arquivos esparsos usando o rsync (ou seja, --sparse). Tente usar essa opção.
Outros problemas são possivelmente o tamanho subjacente do tamanho do bloco configurado no sistema de arquivos de destino. Se eles não são os mesmos, então você pode ter uma situação como você viu. Em outras palavras, suponha que você tenha uma configuração de tamanho de bloco no disco de destino como 8K ... então, qualquer arquivo dimensionado de 0 a 8196 bytes usa um cluster. Assim, copiar arquivos que não são múltiplos do tamanho do bloco pode resultar em blocos no final de cada arquivo alocado, mas não usado. Isso pode ser um problema aqui se você tiver muitos arquivos pequenos.
Essas são as minhas melhores suposições sobre o que você pode estar vendo.