SSD: número de gravações muito rápido e limitado.
Disco rígido: Gravações mais lentas e ilimitadas.
Então, eu recomendaria colocar o software do sistema no SSD. Não vai mude frequentemente, e as leituras rápidas poupam o seu tempo quando inicia e quando você executa programas pela primeira vez. (Não tanto para execuções subseqüentes, já que elas serão armazenadas em cache de qualquer maneira.
/ (including /bin, /sbin, /etc)
/usr
/boot if you have one
Para o disco rígido: swap, claro; dados; qualquer coisa que vai mudar muitas vezes.
swap
/home
/tmp
/var
Em particular, use partições separadas para /tmp
e /var
,
ou eles vão acabar na mesma partição como /
, ou seja, o SSD.