Se URxvt.skipBuiltinGlyphs estiver definido como true em ~/.Xresources , tente defini-lo como false . Corrigido para mim.
Estou usando o teste Debian (stretch) com o i3 executando o urxvt com o Source Code Pro (uma fonte TTF).
MOC (um programa ncurses) como apareceu na semana passada:

Eagora-observeaslinhasverticais:
Eu posso "resolver" o problema reduzindo o espaço de linha do urxvt para 0, mas quero esse espaçamento de linha - e funcionou antes.
Alguma idéia do que poderia causar isso? bug urxvt? bug de renderização de fonte x11?