Provavelmente, o que você está tentando fazer é mais bem resolvido criando dependências de listagem de arquivos, que você pode então include
de seu Makefile. Este é um padrão comum em makefiles C e C ++.
SOURCES=foo.tex bar.tex
all: $(SOURCES:.tex=.pdf)
%.dep: %.tex
perl -lne 'print "$*.pdf: $$1\n" if /\input{([\w-]+\.tex)}/' <$< >$@
include $(SOURCES:.tex=.dep)
Leitura recomendada: Gerando pré-requisitos automaticamente no manual de criação.