O limite de arquivos abertos é por processo. Um usuário pode ter vários processos que o total de contagens de FD pode ser maior que o limite de arquivos abertos.
Da página de manual setrlimit (3):
RLIMIT_NOFILE
Specifies a value one greater than the maximum file descriptor number that can be opened by this process. Attempts (open(2), pipe(2), dup(2), etc.) to exceed this limit yield the error EMFILE.