Leia este documento do nginx . Você precisa executar reinicialização normal em vez de recarregar . O recarregamento simples não reinicia graciosamente os processos de trabalho.
A reinicialização normal seria as seguintes etapas:
kill -USR2 $(cat /var/run/nginx.pid)
kill -WINCH $(cat /var/run/nginx.pid.oldbin)
kill -QUIT $(cat /var/run/nginx.pid.oldbin)
EDIT: Bem, o documento realmente lê:
HUP changing configuration, keeping up with a changed time zone (only for FreeBSD and Linux), starting new worker processes with a new configuration, graceful shutdown of old worker processes
Portanto, apenas kill -HUP $(cat /var/run/nginx.pid)
seria suficiente e nginx -s reload
parece fazer o mesmo ... Haveria diferentes causas para o seu problema.