chkconfig não altera os níveis de execução padrão. Isso é definido por /etc/inittab (pre-systemd) ou systemctl set-default (em systemd).
O que chkconfig faz é criar links para vários níveis de execução.
Então, vamos usar o RedHat 6 (CentOS 6).
Quando você faz chkconfig -add myservice , ele procurará em /etc/init.d/myservice por linhas de comentários específicas:
por exemplo
# chkconfig: 2345 55 25
A parte 2345 significa que o serviço será habilitado nos níveis de execução 2,3,4 e 5. Portanto, agora chkconfig --add criará os links S55myservice em rc[2345].d e K25myservice nos outros níveis de execução ( rc[016].d )