Você pode usar a função XPath string() para obter apenas o valor do atributo value :
$ xmllint --xpath 'string(//list1/list2[@id="abc"]/@value)' data.xml
yes
Você poderia capturar isso para uma variável usando a sintaxe típica de bash :
value=$(
xmllint --xpath \
'string(//list1/list2[@id="abc"]/@value)' data.xml
)
E então:
echo $value
Resultados em:
yes