Está funcionando exatamente como deveria. ~/.Xresources é convencionalmente carregado quando você efetua login. Muitas distribuições fazem isso como parte dos scripts de inicialização da sessão X. Se você não usa um ambiente completo de destkop, você pode precisar adicioná-lo aos seus scripts de login, o que seria feito no seu caso, assim como você fez. Os recursos de ~/.Xresources são carregados no servidor X e se aplicam a todos os programas exibidos nesse servidor X.
Você pode estar confundindo .Xresources com ~/.Xdefaults , que é carregado por cada aplicativo cliente X quando ele é iniciado e, em seguida, se aplica a esse aplicativo. Ao usar o X remotamente, o arquivo ~/.Xresources está no lado do servidor X, enquanto o arquivo ~/.Xdefaults está no lado do cliente.
Observe que o Emacs só carrega ~/.Xdefaults se nenhum recurso for carregado no servidor (mais precisamente, se XResourceManagerString retornar NULL ). Também carrega ~/.Xdefaults-$HOSTNAME incondicionalmente. Eu não sei porque.