Dependendo do que exatamente você está tentando realizar, você pode querer considerar GNU Stow - ele é projetado para age basicamente como um gerenciador de pacotes para coisas construídas do zero, e funciona criando links simbólicos do tipo que você está descrevendo a partir do diretório de construção não compartilhado de cada pacote para um diretório comum de implementação.
Ele deve ser capaz de fazer o que você está pedindo, e você estará particularmente interessado na opção --no-folding , que cria diretórios e arquivos de links simbólicos, em vez de seu comportamento padrão de diretórios simbólicos diretamente quando um pacote se refere a eles.