Não, com ntfs-3g você tem suporte a leitura e gravação para partições formatadas NTFS. Apenas adicionalmente evite os seguintes caracteres: \: *? "< > |
Você talvez perca as permissões ... Se isso for importante para você (o que duvido), primeiro crie um arquivo tar e depois transfira-o para a unidade NTFS.
Se você for livre para escolher o sistema de arquivos da unidade externa (para uso adicional), eu recomendaria usar o ext3 / 4 porque é mais resistente a erros (diário completo, fragmentação, verificações de sistema de arquivos, ... ) do que o sistema de arquivos NTFS.