Isso se deve à maneira como urxvt
implementa a transparência. Ele adiciona outra cor, que define como a cor de plano de fundo padrão e qual é a cor "transparente". Se você alterar essa cor de fundo, os bits que tiverem uma cor de plano de fundo diferente não serão mais transparentes.
Você tem duas opções:
- pare de alterar sua cor de fundo. O Vim tem alguns temas que não fazem isso; na verdade, acho que não vi esse problema com nenhum deles, exceto o "azul".
- muda para um emulador de terminal que implementa transparência de uma maneira diferente, o que não teria esse problema. Acredito que o gnome-terminal se encaixa nessa conta, embora eu não seja absolutamente fã dessa coisa, por várias razões.