Provavelmente, o programa de origem está verificando se a saída é um TTY e ajustando-a adequadamente. Se for bem comportado, haverá uma opção em algum lugar para controlar isso explicitamente, que você pode usar para processar automaticamente a saída do terminal completo, se assim desejar. Se não, você pode usar expect
ou similar para emular um terminal e capturar a saída.