Falando sobre a "opção 2", não é uma boa ideia montar um diretório remoto já montado. Se você montá-lo em outro ponto de montagem e dependendo de qual é o seu processamento, você perderá o mecanismo de bloqueio.
Além disso, por padrão, fuse
não fará nenhuma montagem se o ponto de montagem não estiver vazio.
IMHO, a melhor maneira de proceder é o que você diz: verifique se o diretório remoto já está montado e, se não estiver, monte-o. São apenas algumas linhas para anexar no seu script, tão fáceis de gerenciar. Por exemplo:
REMOTE="user@remote:/some/dir"
MOUNTPOINT=$( mount | grep -E "^${REMOTE}/? " | awk '{print $3}' )
if [ -z "$MOUNTPOINT" ] ; then
echo "Mounting remote directory..."
else
echo "$REMOTE is already mounted on $MOUNTPOINT"
fi