É muito improvável que seu sistema de arquivos seja corrompido. Ext4fs, como a maioria dos Unix sistemas de arquivos suporta arquivos esparsos, ou seja, arquivos que têm alguns de seus blocos não suportados por qualquer mídia física e quais blocos por convenção são retornados como contendo apenas valores nulos (zeros) quando lidos.
A remoção de um arquivo esparso não representa nenhum risco específico, fora do fato de poder conter dados que algum processo ou pessoas não querem perder.
Você pode usar o comando strings
para ter uma ideia da carga real que um arquivo esparso contém.
Se você realmente suspeitar que seu sistema de arquivos está corrompido, a melhor maneira de descobrir isso seria desmontar e fsck.
Editar : de acordo com seus últimos comentários para sua própria pergunta, parece que seu sistema de arquivos está corrompido, afinal. Remover um arquivo ou fazer qualquer coisa em um sistema de arquivos que mostre sinais de corrupção é arriscado e pode corrompê-lo ainda mais. Recomendamos enfaticamente desmontá-lo o mais rápido possível e executar um fsck
para garantir que nenhum outro metadado seja corrompido.